Najstarszy dokument odnotowujący miejscowość pochodzi z 1105 i wymienia dochody z targu, karczmy oraz jatki jakie z Siewierza uzyskuje Opactwo Benedyktynów w Tyńcu pod Krakowem. Około 1179 miejscowość wraz z całą ziemią siewierską znalazła się pod władaniem Piastów z linii opolskiej, a następnie bytomsko-kozielskich oraz cieszyńskich.

Już w XII w. Siewierz był osadą targową, a od początku XIII w. siedzibą kasztelanii. Kodeks dyplomatyczny Małopolski odnotowuje dwa łacińskie dokumenty z 1232 oraz 1252, w których wymienieni są kasztelanowie siewierscy Jaksa oraz Wladimirus. Początkowo ośrodek grodowy znajdował się na południowy zachód od dzisiejszego miasta i zlokalizowany był wokół romańskiego kościoła pw. św. Jana Chrzciciela. Prawdopodobnie po najazdach mongolskich został przeniesiony w miejsce łatwiejsze do obrony. W 1276 r. Siewierz uzyskał prawa miejskie. Wytyczono wówczas rynek będący do dziś głównym centrum miasta. W XIV w. książęta bytomscy wznieśli lub zainicjowali budowę murowanego zamku.

26 lutego 1289 r. doszło pod miastem do krwawej bitwy między wojskami sprzymierzonych z Henrykiem IV Probusem książąt śląskich a koalicją Władysława Łokietka, wówczas księcia kujawskiego, i książąt mazowieckich. Wcześniejsze wtargnięcie wojsk Probusa na teren księstwa bytomskiego, w granicach którego leżała wówczas kasztelania siewierska, spowodowało złożenie przez zagrożonego Kazimierza hołdu lennego królowi Czech, Wacławowi II. Był to pierwszy z czeskich hołdów lennych na Śląsku.

30 grudnia 1443 r. biskup krakowski, Zbigniew Oleśnicki wykupił księstwo siewierskie wraz z zamkiem od zadłużonego księcia cieszyńskiego, Wacława I. Miasto stało się stolicą świeckiego księstwa feudalnego, rządzonego przez biskupów krakowskich (patrz: księstwo siewierskie), które w dużej mierze było zależne od Korony Królestwa Polskiego (później bezpośrednio w jej składzie) i należało do diecezji krakowskiej. Od tego czasu Siewierz stał się ponownie integralną częścią Małopolski. Od 1484 r. biskup krakowski Jan Rzeszowski zaczął używać tytułu księcia siewierskiego.

W XVI w. biskupi rozbudowali gotycki zamek dążąc do przekształcenia go w renesansową rezydencję. Od końca średniowiecza aż do upadku Rzeczypospolitej, Siewierz był siedzibą sądu zwanego ziemskim, który łączył w sobie cechy typowe dla dawnego prawa śląskiego oraz polskiego prawa ziemskiego, dwóch sądów: ziemskiego i grodzkiego.

W czasie potopu szwedzkiego księstwo nominalnie pozostawało neutralne, jednak na zamku przebywały oddziały hetmana Stefana Czarnieckiego, co skłoniło Szwedów do jego zajęcia. Wojska szwedzkie obłożyły też Siewierz kontrybucją w naturze – trzykrotnie większą niż pozostałe miasta Księstwa Siewierskiego.

W 1790 r. Sejm Wielki zlikwidował Księstwo siewierskie, wcielając je do Rzeczypospolitej. W tym samym roku książę – biskup Feliks Paweł Turski opuścił oficjalnie zamek w Siewierzu.

Zabory

W 1795 następstwie III rozbioru Polski Siewierz wszedł w skład zaboru pruskiego jako Nowego Śląska, natomiast Siewierz stał się miastem powiatowym. Po zwycięskim dla Polaków drugim powstaniu wielkopolskim jakie odbyło się w 1806 miejscowość w latach 1807–1815 znalazła się w granicach Księstwa Warszawskiego. W 1807 Napoleon Bonaparte restytuował księstwo siewierskie i oddał je swemu marszałkowi Jean Lannes, księciu Montebello, od którego miejscowość przejął rząd Księstwa Warszawskiego. W 1815 w wyniku ustaleń kongresu wiedeńskiego dokonano podziału księstwa i miejscowość znalazła się w zaborze rosyjskim w Królestwie Kongresowym.

W 1827 w mieście znajdowało się 261 domów zamieszkanych przez 1344 mieszkańców. W 1858 liczba domów wzrosła do 265, w tym 14 murowanych, a liczba mieszkańców do 1586 z czego wszyscy byli chrześcijanami. W 1870 Siewierz utracił prawa miejskie w wyniku carskich represji za powstanie styczniowe 1863. W 1880 liczba mieszkańców wynosiła 1989. W 1889 w XIX-wiecznym Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego miejscowość wymieniona jest jako osada miejska, dawniej miasto leżące w powiecie będzińskim, gminie Sulików, parafia Siewierz. W osadzie było wówczas 300 domów, w których mieszkało 2500 mieszkańców. Miejscowość miała 3281 mórg powierzchni. Znajdowały się w niej dwa kościoły, dwie szkoły początkowe męska i żeńska, sąd gminny, przytułek dla 11 starców, apteka.

II Rzeczpospolita Polska

Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę w 1918 roku, Siewierz, wraz z całym powiatem będzińskim, został włączony do województwa kieleckiego. W 1927 roku utworzono powiat zawierciański, w którego skład wszedł Siewierz (również w granicach województwa kieleckiego). W 1930 r. odsłonięto pomnik siewierzan poległych w walce o niepodległość.

II wojna światowa

4 września 1939 niemiecki Freikorps zamordował w Siewierzu 10 Polaków. W 1943 r. do obozu zagłady w Auschwitz-Birkenau wywieziona została cała ludność żydowska (w 1939 r. 229 osób). W okresie wojny zginęło około 300 osób. Po zakończeniu wojny ziemia siewierska wraz z całym powiatem zawierciańskim została przyłączona do województwa śląsko-dąbrowskiego.

Okres powojenny

Następnie okresie PRL miejscowość leżała w powiecie zawierciańskim w województwie katowickim. W 1955 Siewierz był gromadą, a od 1958 osiedlem zajmującym 31 km² powierzchni oraz liczącym 4000 mieszkańców. Miejscowość odzyskała prawa miejskie w 1962, ale większość mieszkańców, 71% w dalszym ciągu utrzymywało się jeszcze z rolnictwa. W mieście znajdowała się szkoła podstawowa oraz liceum. 1973 r. w wyniku reformy administracji terenowej podjęto decyzję o likwidacji gromad, co pozwoliło przyłączyć do miasta i gminy sąsiednich wsi: Brudzowic, Dziewek, Gołuchowic, Żelisławic, Podwarpia, Wojkowic Kościelnych, Kuźnicy Warężyńskiej i Trzebiesławic.

Dzisiaj Siewierz stanowi ośrodek turystyczny, leżący w zapleczu aglomeracji górnośląskiej. Zachowane zabytki to barokowe kościoły datowane od XVI do XVIII w., a zwłaszcza ruiny gotyckiego zamku książąt śląskich, a następnie biskupów krakowskich – książąt siewierskich powstałego od XIV do XVI. Pod miastem zachował się romański kościół św. Jana Chrzciciela w Siewierzu z I poł. XII w. (według Jana Długosza datowany na 1144 r.). Ruch wypoczynkowy obsługuje także zalew Przeczycko-Siewierski, zalew powstały w wyniku spiętrzenia wód Czarnej Przemszy. Od lutego 2005 r. funkcjonuje Izba Tradycji i Kultury Dawnej obejmująca ekspozycje dawnego rzemiosła, rzeźby i rękodzieła artystycznego oraz tematykę historyczną związaną z dziejami księstwa siewierskiego i jego zabytków (w tym zamku).